黒閖事変から16年。
リリーと呼ばれる少女たちに宿る超常的な能力、それは普遍的なものとなり世界へと広がっていた。

福島県のど田舎に住んでいた「中村 小百合」も、ある出来事によりリリー能力が発現。
リリー能力者を保護・育成するリリー学園の一つである「赤鳴花学園」へと入学する事になった。

見知らぬ土地、見知らぬ学園での生活に心躍らせる小百合だったが、しかし彼女を待ち受けていたのは予想だにしない苦難と戦いの日々だった。

学園生活を経て、やがてそれぞれの思惑は時代を超えて繋がる。
そしてリリーの名の下に集う乙女たちを再び戦いの渦へと巻き込むのであった……。